미생물학과는 1984년 10월 교육부로부터 전국 국립대학 중 네 번째로 설립 인가를 받아 설립되었다. 1985년 3월 1회 신입생 40명을 선발한 이래 현재까지 수 백 명의 졸업생을 배출하여 한국의 미생물학 발전에 크게 기여하여 왔으며, 지난 1995년 10월 생물학과, 생화학과와 함께 생명과학부로 통합되어 미생물전공으로 운영된 후 2009년부터 다시 미생물학과로 분리하였다.

미생물은 현미경적인 크기를 가진 마이크로 세계를 구성하는 주체로서 지구생태환경을 유지하는 필수요소이며, 인간에 유익한 면과 유해한 면을 동시에 가지고 있다. 미생물학은 응용학문으로써 신약·신소재 개발, 생명공학용 숙주 및 유전자 치료 벡터 개발, 오염환경정화 등 여러 생물공학의 발전에 기반이 되고 있다. 나아가 21 세기를 주도할 시스템미생물학과 통섭시대의 핵심 기초학문분야로써 생명과학 연구의 중심에 위치하고 있다.

21세기에 필요한 미생물학자로서의 자질을 기르기 위하여 생화학, 세포 및 분자 생물학, 세균학 개론, 유전학, 생태학, 바이러스학, 균류학 등을 개설하여 기초 미생물학의 이해를 돕고 있다. 또한, 응용미생물 학문으로 미생물유전체공학, 합성생물학, 분자미생물공학, 시스템 미생물 공학과 산업을 개설하고 있으며, 학생들의 졸업 후 취업과 연계되는 생물공정검증, 산업과 미생물, 인턴쉽과 같은 과목을 개설하고 있다. 이를 통하여 학생들에게 폭 넓은 미생물학을 접하여 전문인으로 성장할 수 있도록 하며 나아가 취업과 원활히 연계될 수 있도록 노력하고 있다.

미생물학과 졸업생은 학계·국공립연구소·산업체연구소등에 취업을 하거나, 국·내외 대학원 진학을 통하여 더욱 심도 있는 학문을 탐구하고 있다. 현재 졸업생들의 주요 취업기관으로는 전국 대학교, 국공립연구소 (한국생명공학연구원, 국립보건원, 등), 공무원 (연구사, 연구관, 등), 전공 관련 산업체 연구소 (제약회사, 식품회사, 환경관련회사, 등), 바이오벤처기업, 의료기관 등 다양한 분야에서 왕성한 연구 활동을 수행하고 있다.